הקורס מבוא למחשבת ישראל מציג את הפילוסופיה היהודית ואת הנושאים העיקריים שבה היא עוסקת, מהמקרא ועד ימינו. הקורס חושף את ההתמודדות של עולם המחשבה היהודית עם שאלות אנושיות שעימן מתמודד כל אדם באשר הוא. לכן, קורס זה ירחיב את דעתו של כל אדם: בסוגיות של משמעות, בשאלת הטוב והרע במציאות, מקומו של האדם בעולם, עולם ערכים ומוסר, וכן היחס לאלוהים, אמונה וחילון. בהוראתו של פרופ' משה הלברטל נלמד על סוגיות אלו ועוד.
הקורס רואה את עולם הפילוסופיה היהודית כתוצר של מפגש עם תרבויות ועם הגויות אחרות, מפגש שמעודד ומדרבן את גדולי המחשבה היהודית להגדיר מחדש את עקרונות היהדות. הקורס דן בהגות במקרא, בהגות היהודית בספרות חז"ל ובספרויות בית שני, ואחר כך בהתפתחויות המרעישות שחלו בהגות זו בימי הביניים, בהשפעת המפגש עם התרבויות הערבית (אשר הושפעה מהתרבות היוונית). הקבלה גם היא צמחה בימי הביניים, והקורס דן בה ובתורותיה. בעת החדשה החלה להיווצר מציאות חדשה, והקורס דן בהגות ההשכלה, בשבתאות ובפרנקיזם, וכן בהתמודדויות המודרניות, עד הפוסטמודרניזם. בקורס עולה דמותם של הוגים מרכזיים, כגון הרמב"ם, ר' יהודה הלוי, משה מנדלסון, הרמן כהן, הרב קוק, אחד העם, מרטין בובר, יוסף חיים ברנר, מיכה יוסף ברדיצ'בסקי ועוד.
קורס זו נועד לפתוח בפני כל המעוניין גישה לארון הספרים של מחשבת ישראל, במטרה שבסיום הקורס יוכל ללמוד ולהתעמק באופן עצמאי בספרות ההגות היהודית. הקורס הינו קורס מבוא המתאים לקהלי יעד מגוונים ולא נדרש בו ידע קודם.
פרופסור מן המניין בחוגים למחשבת ישראל ולפילוסופיה באוניברסיטה העברית בירושלים.
פרופסור מן המניין ומופקד הקתדרה על שם גרוס בבית הספר למשפטים באוניברסיטת ניו יורק, וחבר האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים.
בשנת 1999 זכה בפרס מיכאל ברונו מטעם יד הנדיב. ספרו "בין תורה לחכמה: רבי מנחם המאירי ובעלי ההלכה המיימונים בפרובאנס" זכה בפרס גורן-גולדשטיין בשנת 2001 בקטגוריית החיבור הטוב ביותר במחשבת ישראל בשנים 1997–2000. הלברטל קיבל תואר דוקטור לשם כבוד מטעם הסמינר התיאולוגי היהודי בניו יורק בשנת 2008.
באוניברסיטה הפתוחה מזה כעשרים שנה, שם פיתח את הקורסים "תהליכי חילון בתרבות היהודית" ו"מבוא לקבלה: המיסטיקה היהודית מראשיתה ועד הזוהר" (בשיתוף עם פרופ' משה אידל), וכן סייע בפיתוח הקורס "מבוא למחשבת ישראל". מחקריו עוסקים בתפיסות יהודיות של המוות ובתולדות הספר העברי.
