לרשות ארבעה מינהלים:
מינהל אוכלוסין – אחראי למכלול הנושאים בתחומים של מרשם ודרכונים, אזרחות ומעמד, אשרות, איחוד משפחות, עלייה ושבות.
מינהל עובדים זרים – אחראי להסדרת העסקתם של העובדים הזרים. המינהל עוסק במתן רישיונות לתאגידי כוח אדם והיתרים להעסקת עובדים זרים ובהנפקת אשרות לעובדים זרים בהתאם למדיניות ולמכסות ההעסקה הנקבעות על ידי הממשלה.
מינהל אכיפה וזרים – אחראי לאכיפת החוקים המתייחסים לשהות זרים ולתעסוקת זרים. המינהל פועל לצמצם את מספר השוהים הלא-חוקיים, ובמקביל הוא פועל לשמור על זכויותיהם של העובדים הזרים. כמו כן, המינהל אחראי לטיפול במסתננים ובמבקשי מקלט.
מינהל ביקורת גבולות– אחראי לתפעול מעברי הגבול ולביצוע ביקורת הגבולות ב-21 מעברי הגבול הבין-לאומיים של ישראל.
